日本基本港口按照地理位置可以分為“關東港口”“關西港口”。其中：關東港口包括：東京（TOKYO),橫濱(YOKOHAMA),名古屋(NAGOYA)三個港口；關西港口包括：博多(HAKATA),門司(MOJI),神戶(KOBE）,大阪（OSAKA）。日本最大的港口城市-Yokohama橫濱，其次是Kobe 神戶。
其他大港：
Fukuo 福岡港、Hakodate 函館港 、Hiroshima 廣島港 、Kawasaki 川崎港 、Kure 吳港港 、Nagasaki 長崎港 、Nagoya 名古屋港 、Osaka 大阪港 、Otaru 小樽港 、Tokyo 東京港。
以下詳細介紹主要幾個港口。
1大阪港
大阪港位于日本(全稱：日本國JAPAN)本州(HONSHU)西南沿海的中島川(NAKAZIMA KAWA)與大和川(YAMATO KAWA)河口之間，瀕臨大阪灣的東北側，是日本五大集裝箱港口之一。。
2神戶港
神戶港是日本兵庫縣神戶市的特定重要港灣。為日本主要的國際貿易港(五大港)之一，與大阪港同樣被指定成超級中樞港灣。
3廣島港
廣島市是日本政令指定都市，也是日本國主要城市之一。位于本州西部中國地區，是廣島縣縣廳所在地，有著名的廣島和平紀念館。
4福岡港
福岡市(Fukuoka)，目前是日本第6大人口城市，位于日本九州的北部，是福岡縣西部的一個重要城市。
5東京港
東京港作為首都圈地區與國內、海外各地運輸的節點，其腹地為擁有3000萬人口的東京圈及其周邊的關東北部、甲信越等廣大地區。擁有海域面積5453 公頃，陸域面積1080公頃，內外貿碼頭共計24個，泊位總數為115個，其中集裝箱碼頭4個，集裝箱泊位16個。
6橫濱港
橫濱港，位于日本本州中部東京灣西岸，僅次于東京、大阪，是日本的第三大城市，面積435平方千米，1993年人口已達330萬人。是日本最大的海港，也是亞洲最大的港口之一。橫濱地理環境北、西、南三面為丘陵環繞，東面為太平洋。
7名古屋港
名古屋港(Port of Nagoya)，是橫跨日本愛知縣名古屋市、東海市、知多市、彌富市、海部郡、飛島村的一個港灣，是日本最大的國際貿易港口之一。
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